Creo que se podría hacer con la variable $message['id']. Actúa de la misma forma que $GLOBALS['board']. Si por ejemplo quieres poner un botón en el mensaje con ID 48, deberías hacer algo como:
if($message['id'] == 48)
<li class="..."><a href="...">...
No te recomiendo hacer esto sobre demasiados mensajes, ralentizará la navegación del foro.