se non ricordo male poco tempo fa aruba aveva detto che tutti i nuovi file .php, e cartelle che li contengono, che venivano caricati dovevano essere settati con 755, ma a scanso di equivoci ad ogni upload in ftp di default ( da aruba.it stesso ) vengono impostati i permessi 755.
quindi quando fai l' upload i file dovrebbero avere già da soli un 755.
io utilizzo sia hosting windows only che linux only su aruba, ed in entrambi i casi ( con cuteftp ) non ho problemi di settaggio dei permessi