Sim, mas se escreveste manualmente foi como se fosse o actualizador a fazer. O que quer dizer que, se se mantiver, não houve downgrade dos ficheiros.
O que eu penso é que, se tivesses um backup dos ficheiros antes de tentares agora corrigir, devias carregá-lo e verificar se funciona tudo, bem como as tais versões dos ficheiros.